belli miei, l'aggettivo "delirante" tenetevelo pure per voi.
come i tram o i bus: quelli che fanno percorsi differenti hanno numerazioni differenti, se vale per la superficie non vedo perchè non dovrebbe valere per le linee sotterranee.
vi sembrerà delirante, ma a monaco, tanto per fare un esempio, funziona così.
http://www.mvv-muenchen.de/web4archiv/objects/download/schnellbahnnetz_2010_english.pdfpoi se non vi piace M11, M12 ecc., si potrebbe chiamare M1-1 e M1-2, oppure M1a e M1b... almeno si conserverebbe il primo numero per le tratte in comune. il colore lo si sistema, fai un rosso più intenso per la prima, e uno meno intenso per la seconda, e lo stesso per la verde, non mi pare un problema insuperabile.