Più che collegarle tra loro si deve distribuire il traffico in arrivo.
Comunque è vero, una volta scesi da S. Giovanni e attraversate un paio di strade trafficate, poi è tutta una breve e piacevole camminata.
Quanto al progetto, è molto ambizioso (ma non prevede un solo metro di galleria quindi non interesserà a molti), però se si vuole fare un grosso salto di qualità, mi sembra questo il taglio.
Altrimenti, piuttosto che tagliare como lago, mettere navette e altri danni del genere, è meglio lasciare le cose come stanno e fare come dici tu, fare una stazione comune dove RFI e Nord già si incrociano, e magari, già che si siamo, fare finalmente in Lombardia una bella integrazione tariffaria, altrimenti l'interscambio è quasi inutile.