Dettagliatissima, la tua cartina!
Rimanendo nell'ambito dell'aspetto grafico, bisognerebbe forse differenziare in modo più netto i vari colori: per esempio, le linee AV/AC potrebbero essere in nero/grigio, quelle intercity/interregionali in blu/azzurro, quelle regionali in verde/verde chiaro e quelle suburbane in rosso/arancione.
Insomma, ogni categoria di treni avrebbe una sua gamma base di colorazioni, cosa che permetterebbe anche di differenziare i vari instradamenti attraverso Milano: per esempio, le linee S sul primo passante potrebbero essere in rosso e quelle sul futuro secondo passante in arancione (e quelle eventualmente rimanenti attestate su Cadorna in giallo, magari); similmente per le linee R - e così via...
Poi, ovviamente, la grafica andrebbe riveduta per l'uso come mappa pubblica di consultazione: così com'è ora, pur molto razionale ed interessante, ha un aspetto troppo "da computer", ovviamente.
Forse siamo sulla strada giusta, in ogni caso...