Hai considerato di usare come aereoporto di arrivo Monaco invece di Vienna?
Per Monaco c'e' una specie di ponte aereo a tutte le ore, e ad un rapido sguardo su
http://www.lastminute.com l'andata e ritorno con Lufthansa puo' essere sui 159..ampia scelta di orari (da Vienna piu' o meno lo stesso... su certe date anche meno).
Dall'aereoporto alla stazione centrale di Monaco penso ci sia un suburbano... stando a wikipedia la S1 e la S8 ci mettono circa 45', ma non so quale delle due va in stazione.
Stando a
http://www.raileurope.com da Monaco per Linz ci sono un po' di soluzioni.. pero' costano quasi 100 euro per tratta, mentre da Vienna sui 50.
Considerati i tempi e i costi, pero'..... credo che io non avrei dubbi a fare tutti in aereo con un cambio. In volo ci metti poco piu' di 3h, e non hai patemi e sbattimenti per i trasferimenti per le citta'. Anche se costa sui 300, facendo aereo piu' treno non spendi tanto di meno....
A meno che il tuo scopo non sia vedere un po' di mezzi di trasporto, in quel caso e' divertimento...