La linea fu chiusa nel 1966, tra l'altro con un colpo di mano, visto che fu chiusa il 31 luglio.
Indubbiamente in quel periodo le pressioni da parte della Fiat erano... forti, tant'è che la linea venne disarmata e smantellata completamente in quattro e quattr'otto (mentre invece in Valmorea i binari ci sono ancora).
A titolo di curiosità, i binari recuperati dalla Como-Varese furono messi in Valmorea, su cui si viaggiava con pesantissime limitazioni di velocità, visto che l'armamento era ancora quello prebellico.
Non che quello della Co-Va fosse un granché, ma sempre meglio di niente.
Per chi fosse interessato, le stazioni della linea ci sono ancora, e in qualche tratto si vedono ancora i resti della ferrovia: a Lurate, in un incrocio stradale, ci sono i binari annegati nell'asfalto che si vedono benissimo, e non ricordo dove ci sono tre pali della catenaria che son rimasti lì, non si sa perchè, e penso ci siano tuttora.
A differenza della Valmorea, dove invece l'esercizio ferroviario è temporaneamente sospeso (cioè nei fatti il sedime è ancora di FN), la Malnate-Grandate non ha più nulla a che fare con FN dal 1966.