In una situazione come quella tedesca in cui esistono in diverse città le S-Bahn e sono universalmente conosciute ha molto senso una numerazione separata. Per dirla diversamente e semplificando un po' si distingue tra urbano ed extraurbano (che pure svolge anche un servizio urbano).
In una situazione come quella italiana, con l'eccezione del sistema milanese delle linee S (dove la lettera non è stata scelta a caso), non trovo affatto sbagliato e fonte di confusione optare per una numerazione unica di linee come L1 ed L2.
Sono certamente diverse come impostazione e tecnologia (ma forse soprattutto come cronologia che è il fattore che le rende più diverse agli occhi del pubblico), ma sono pur sempre line su ferro sotterranee che danno un servizio tipicamente urbano.
E' forzato dire che mettere assieme L1 ed L2 è come mettere assieme metropolitane e linee di superficie (che poi a Napoli sono quasi esclusivamente autobus).