Nel caso di Siracusa, c'era la necessità di raddoppiare i binari nel tratto cittadino, già piuttosto stretto e tortuoso: quindi, si è preferita una variante diretta in tunnel nell'entroterra, invece di potenziare/interrare la lunga linea costiera; cosa in questo caso comprensibile, dato che Siracusa è comunque capolinea della rete elettrificata e quindi renderla stazione di testa non influiscce molto sulla sua operatività.
A proposito, sarebbe bello se si potesse creare anche un vero fabbricato viaggiatori di testa, nell'area tra la fine dei binari ed il centro città, dove oggi c'è una piccola area a verde: forse alquanto improbabile, però...
P.S.: C'è chi ora propone addirittura una metropolitana (ferroviaria) a Siracusa:
http://www.youtube.com/watch?v=_uciTxArlW4
(interessante, ma forse alquanto utopico).